La búsqueda de alternativas sostenibles a los agroquímicos sintéticos ha generado un creciente interés en compuestos bioactivos de origen vegetal. El canelo, un árbol nativo chileno de significativa importancia etnobotánica, es una fuente prometedora de sesquiterpenos antifúngicos, como el poligodial y el drimenol. Este estudio describe el desarrollo de una plataforma de micropropagación clonal in vitro que permite la producción de material vegetal en condiciones de laboratorio controladas, que posteriormente se somete a extracción para obtener estos compuestos bioactivos. Se han formulado cuatro medios de cultivo específicos para la propagación exitosa, el enraizamiento de plántulas y la inducción de callos. El análisis histológico confirmó la presencia de meristemoides en los callos desdiferenciados. Además, los análisis de HPLC y GC-MS indican que la composición fitoquímica de los extractos de plantas propagadas y de aquellos de árboles silvestres maduros es bastante similar. Este resultado está en línea con la actividad antifúngica exhibida por estos extractos; es decir, ambos son comparables. Este enfoque biotecnológico ofrece un método escalable para producir agentes antifúngicos de origen vegetal, contribuyendo a la agricultura sostenible y a la valorización de los recursos genéticos nativos.