La autofagia es un mecanismo de degradación altamente conservado que es esencial para mantener la homeostasis celular. En las enfermedades humanas, las vías de autofagia a menudo están desreguladas y hay un gran interés en dirigir la autofagia hacia enfoques terapéuticos. En consecuencia, existe la necesidad de determinar la actividad autofágica en tejidos humanos, una tarea que se ve obstaculizada por el hecho de que la autofagia se caracteriza por el flujo de sustratos, mientras que la histología solo informa sobre las cantidades y la localización de sustratos y reguladores en un único momento. A pesar de esta tarea desafiante, se ha logrado un progreso considerable en el establecimiento de marcadores de autofagia en los últimos años. La importancia de establecer marcadores de autofagia claros que puedan ser utilizados para el análisis de tejidos no puede ser subestimada. En esta revisión, intentamos resumir las técnicas conocidas para cuantificar la autofagia en tejidos humanos y sus desventajas. Además, proporcionamos algunas recomendaciones que deben tenerse en cuenta para mejorar la fiabilidad y la interpretación de los biomarcadores de autofagia en muestras de tejido humano.