La evaluación del rendimiento de la innovación regional a través de índices de innovación compuestos puede servir como una herramienta valiosa para la formulación de políticas. Aunque la discusión sobre la mejor metodología para construir índices de innovación compuestos continúa, estamos interesados en profundizar en el uso de niveles de referencia y el problema de la agregación. Hasta ahora, los métodos de agregación aditiva son, en gran medida, la regla de agregación más extendida, lo que permite una plena compensabilidad entre los indicadores individuales. En este documento, presentamos una metodología de evaluación integrada para evaluar el rendimiento de la innovación regional utilizando el enfoque de Indicador Compuesto Débil y Fuerte basado en Múltiples Puntos de Referencia (MRP-WSCI), que permite definir niveles de referencia y diferentes grados de compensabilidad. Como ejemplo de aplicación al Tablero de Puntuación de Innovación Regional, la técnica propuesta se desarrolla para medir el rendimiento de innovación de las regiones de España teniendo en cuenta los niveles de referencia españoles y europeos. Las principales características del enfoque propuesto son: (i) los niveles de referencia absolutos o relativos podrían ser definidos previamente por el tomador de decisiones; (ii) al establecer los niveles de referencia, el índice de innovación compuesto resultante es una medida fácil de interpretar; y (iii) el indicador compuesto fuerte no compensatorio proporciona una capa adicional de información para la formulación de políticas. (iv) se propone una herramienta de visualización llamada Light-Diagram para rastrear las fortalezas y debilidades específicas del rendimiento de innovación de las regiones.