Se estudió una colección de germoplasma de soja para la identificación de accesiones con bajo contenido de inhibidor de tripsina en las semillas. Veintinueve accesiones, plantas parentales y dos poblaciones híbridas fueron seleccionadas y analizadas utilizando marcadores genéticos para alelos del locus que codifica el inhibidor de tripsina Kunitz (KTI). La mayoría de las accesiones tenían un alto o muy alto KTI (49.22-73.53 unidades de tripsina inhibidas (UTI/mg de semilla), mientras que las dos cultivares locales kazajas, Lastochka e Ivushka, presentaron un contenido moderadamente alto de KTI, de 54.16-54.87 UTI/mg. En contraste, dos cultivares de soja de Italia, Hilario y Ascasubi, mostraron los niveles más bajos de unidades de tripsina inhibidas, de 25.47-27.87 UTI/mg. La electroforesis de proteínas de semilla en un sistema no desnaturalizante mostró un patrón de discriminación simple y una clara presencia/ausencia de bandas correspondientes a KTI. El marcador SSR fue el marcador diagnóstico más efectivo entre los tres examinados, y confirmó la presencia del alelo nulo homocigoto en los cultivares Ascasubi y Hilario, que se utilizaron para la hibridación con la cv. local Lastochka. Se identificaron con éxito plantas híbridas F heterocigotas y líneas homocigotas en poblaciones segregantes F utilizando . Finalmente, a través de la selección asistida por marcadores con , se produjeron líneas homocigotas prospectivas para su posterior aplicación en el programa de mejora de la calidad de semillas de soja en Kazajistán.