La rápida propagación de la enfermedad de la raíz de club causada por amenaza la producción de rábanos en China porque algunos tipos de cultivo carecen de genes resistentes al clubroot (CR). Sin embargo, se han desarrollado pocos marcadores moleculares para la resistencia al clubroot y se han utilizado en programas de cría híbrida. En este estudio, se identificaron 27 accesiones inmunes y 6 altamente resistentes entre 95 líneas puras de rábano. Los genes y fueron respectivamente identificados a partir de un genoma de referencia XYB36-2 como los homólogos de y de mediante análisis de homología y sintenia. La asociación entre el grado de resistencia al clubroot y el genotipo de estos genes CR sugirió que H3 puede ser utilizado como un haplotipo resistente al clubroot. La identidad de secuencia en líneas resistentes al clubroot (CR-60 y CR-88) y líneas susceptibles al clubroot (CR-10 y CR-35) fue del 92.47%, y hubo una inserción de 699 pb al final del cuarto exón en la línea susceptible al clubroot. El análisis de asociación de una población BCF derivada del cruce CR-88 (resistente) x CR-10 (susceptible) reveló una correlación aparente entre los polimorfismos en el locus y el grado de resistencia al clubroot. Sobre la base de los resultados, se utilizó la selección asistida por marcadores moleculares para transferir genes de resistencia a enfermedades a variedades susceptibles y se obtuvo un nuevo germoplasma CR de Xinlimei.