La formación de hidroxiapatita en los cementos de silicato de calcio hidráulico endodóntico (HCSCs) juega un papel significativo en el sellado del sistema de conductos radiculares y en la elevación de la inductividad de los tejidos duros de los materiales. Este estudio evaluó la capacidad de formación de apatita in vivo de 13 HCSCs de nueva generación utilizando un HCSC original (ProRoot MTA blanco: PR) como control positivo. Los HCSCs se cargaron en tubos de politetrafluoroetileno e implantaron en el tejido subcutáneo de ratas Wistar machos de 4 semanas. A los 28 días después de la implantación, se evaluó la formación de hidroxiapatita en los implantes de HCSC mediante espectroscopia micro-Raman, caracterización ultrastructural de superficie y mapeo elemental de la interfaz material-tejido. Siete HCSCs de nueva generación y PR presentaron una banda Raman para hidroxiapatita (banda v1 PO a 960 cm) y precipitados esféricos ricos en calcio-fósforo similares a la hidroxiapatita en las superficies. Los otros seis HCSCs, que no presentaron ni la banda Raman de hidroxiapatita ni precipitados esféricos similares a la hidroxiapatita, no mostraron regiones similares a capas de hidroxiapatita ricas en calcio-fósforo en el mapeo elemental. Estos resultados indicaron que 6 de los 13 HCSCs de nueva generación poseían poca o ninguna capacidad para producir hidroxiapatita in vivo, a diferencia de PR. La débil capacidad de formación de apatita in vivo de los seis HCSCs puede tener un impacto negativo en su rendimiento clínico.