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Evaluación de enfoques de vanguardia para la ensamblaje del genoma de norovirus en muestras de metagenoma

Autores: Meleshko, Dmitry; Korobeynikov, Anton

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Evaluación de enfoques de vanguardia para la ensamblaje del genoma de norovirus en muestras de metagenoma


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Biología

Palabras clave

Publicado
Artículo
Comparación
Enfoques de ensamblaje
Muestras de norovirus
Estrategias de preprocesamiento

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 23

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Un artículo publicado recientemente por Fuentes-Trillo et al. contiene una comparación de enfoques de ensamblaje de varias muestras de norovirus a través de diferentes herramientas y estrategias de preprocesamiento. Resultó que el estudio utilizó versiones desactualizadas de herramientas, así como herramientas que no estaban diseñadas para la tarea de ensamblaje viral. Para mejorar los ensamblajes subóptimos, los autores sugirieron diferentes estrategias de preprocesamiento sofisticadas que parecen hacer solo contribuciones menores a los resultados. Hemos reproducido el análisis utilizando herramientas de última generación diseñadas para el ensamblaje viral, y demostramos que las herramientas del conjunto de herramientas SPAdes permiten ensamblar las muestras del estudio original en un solo contig sin ningún preprocesamiento adicional.

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