El género (Nymphaeaceae) comprende especies de plantas acuáticas que habitan en cuerpos de agua dulce de las regiones templadas del hemisferio norte, conocidas como lirios de agua amarillos, y son los únicos representantes en el continente europeo, presentando diferentes ecologías: el primero es un generalista ampliamente distribuido, mientras que el segundo está restringido a latitudes del norte o altitudes elevadas debido a sus requisitos de aguas más frías y oligotróficas. Las áreas montañosas de Europa Central, el Macizo Central (Francia) y los Picos de Europa (norte de la Península Ibérica) albergan poblaciones relictas aisladas amenazadas por la eutrofización y la hibridación. Nuestro objetivo es detectar procesos de hibridación en las poblaciones del Macizo Central y los Picos de Europa y comparar la diversidad genética de las poblaciones relictas de Europa Central utilizando marcadores de microsatélites (SSR). No se encontró evidencia de hibridación en la población ibérica, mientras que la mezcla entre las poblaciones del Macizo Central podría deberse a hibridación o introgressión antigua. Nuestro conocimiento actual se beneficiaría de estudios de diversidad genética centrados en ambas especies a lo largo de su rango de distribución. Las poblaciones ibéricas y del Macizo Central eran genéticamente distintas, representando dos clústeres diferentes de otras poblaciones relictas, con baja diversidad genética y una frontera genética dentro de Europa Central.