Los contaminantes emergentes, como los productos farmacéuticos y los colorantes sintéticos, ingresan cada vez más a los suelos agrícolas a través del riego con aguas residuales tratadas o no tratadas y mediante enmiendas de biosólidos, lo que genera preocupaciones sobre la salud de las plantas, la funcionalidad del suelo y la seguridad de la cadena alimentaria. Su comportamiento ambiental está gobernado por interacciones complejas entre la fisicoquímica de los compuestos, las propiedades del suelo y la fisiología de las plantas, lo que lleva a una persistencia, movilidad y resultados ecotoxicológicos variables. Esta revisión sintetiza la evidencia actual sobre el destino, la absorción y los efectos fitotóxicos de los contaminantes de fármacos y colorantes en sistemas planta-suelo, y proporciona una evaluación comparativa de los riesgos ecológicos antes y después del tratamiento fotocatalítico de aguas residuales. El análisis integra hallazgos de estudios basados en suelo e hidropónicos que abordan la dinámica de adsorción-desorción de contaminantes, la lixiviación, las transformaciones microbianas y las respuestas de las plantas que van desde la alteración de la germinación y la reducción de biomasa hasta el estrés oxidativo y la genotoxicidad. Se hace especial énfasis en la formación y el comportamiento de los productos de transformación generados durante la degradación fotocatalítica, que pueden mostrar una movilidad o toxicidad alteradas en relación con los compuestos parentales. La evaluación comparativa revela que la fotocatálisis reduce sustancialmente las cargas de contaminantes y la toxicidad en muchos casos, aunque la mineralización incompleta o la formación de intermediarios reactivos pueden mantener o aumentar los efectos adversos bajo ciertas condiciones. Al vincular los mecanismos de destino de los contaminantes con las respuestas de las plantas y el suelo, esta revisión destaca tanto el potencial como las limitaciones de la fotocatálisis como una estrategia sostenible para salvaguardar los agroecosistemas en el contexto de la creciente reutilización de aguas residuales.