El uso de cepas nativas ha sido propuesto como una alternativa sostenible para controlar las enfermedades del cacao. El objetivo de este estudio fue evaluar cepas indígenas de la Provincia de Bagua, Perú, con respecto a sus características antagonistas in vitro y su potencial para el biocontrol in vitro contra la enfermedad de la moniliasis del cacao. Un total de 199 cepas fueron evaluadas para micoparasitismo in vitro, antibiosis y antagonismo potencial. El efecto de cuatro cepas fue evaluado in vitro utilizando variables epidemiológicas, rendimiento y eficacia en dos sitios (Copallín y La Peca). Se reportaron diferencias significativas ( < 0.05) para todas las variables evaluadas in vitro y in vitro. El micoparasitismo osciló entre 32% y 100%, la antibiosis de 33.36% a 57.92%, y el antagonismo potencial de 42.36% a 78.64%. Se encontró que todas las cepas afectaron los parámetros evaluados in vitro además de mejorar el rendimiento productivo. La eficiencia varió del 38.99% al 71.9% en Copallín, y del 45.88% al 51.16% en La Peca. La cepa CP24-6 mostró el mayor potencial para el biocontrol en condiciones de campo al considerar su efecto en ambos sitios.