Los humedales costeros proporcionan servicios ecológicos críticos, pero están amenazados por los cambios humanos, climáticos e hidrológicos que afectan estos ecosistemas. Varios servicios y funciones clave del ecosistema dependen de especies de plantas macrófitas acuáticas. Integramos 10 años de datos de monitoreo estacional (2014-2024) y conjuntos de datos climáticos e hidrológicos para evaluar cómo la variabilidad ambiental influye en dos macrófitas acuáticas dominantes: la invasiva y no indígena Planch. Casp. (Hydrocharitaceae) y la nativa (C.A.Mey.) Soják, en el primer sitio Ramsar de Chile, Carlos Anwandter, y un Santuario de la Naturaleza. Modelamos áreas de hábitat adecuado utilizando el software MaxEnt con bandas espectrales e índices de Landsat 8 como capas predictivas. Encontramos disminuciones recientes significativas en la temperatura, el flujo del río y el nivel del agua, con un cambio no significativo en la precipitación. También observamos fluctuaciones espaciales y temporales marcadas en las áreas con hábitat adecuado para ambas macrófitas. Los análisis de regresión escalonada indicaron que se expandieron con el aumento de la temperatura a lo largo del tiempo, pero disminuyeron con la variabilidad del nivel del agua. Mostraron efectos contrastantes, disminuyendo con el aumento de la temperatura y los niveles de agua, pero expandiéndose con mayores precipitaciones. Estos hallazgos enfatizan la complejidad de los ecosistemas de humedales costeros bajo estrés ambiental y cambio climático, y la necesidad de más investigación para la conservación y gestión de los humedales costeros a lo largo de las rutas migratorias, como la Ruta Migratoria del Pacífico Sureste.