La evaluación ecológica de los ecosistemas acuáticos europeos está regulada bajo las directrices marco sobre la estrategia para los entornos acuáticos y marinos. Los macroinvertebrados bentónicos son el elemento de calidad biológica más utilizado para la evaluación ecológica de ríos, aguas costeras-marinas y aguas transicionales. La identificación morfológica de los macroinvertebrados bentónicos es la herramienta actual para su evaluación. Recientemente, se han propuesto herramientas basadas en ADN como alternativas efectivas. Los principales límites actuales de las aplicaciones basadas en ADN incluyen la incompletitud de las especies registradas en las bibliotecas de referencia de códigos de barras de ADN y el sesgo de los cebadores. Aquí, analizamos la influencia de la incompletitud de las bases de datos de códigos de barras de ADN en los índices de diversidad de especies, indicadores ecológicos y evaluación ecológica en aguas transicionales del sureste del Mediterráneo, teniendo en cuenta la disponibilidad de regiones genómicas comúnmente secuenciadas y depositadas para las especies listadas. El estado de calidad ecológica asignado a través de la aplicación potencial de ambos enfoques a los ecosistemas de aguas transicionales analizados fue diferente en el 27% de los sitios. También analizamos las distancias genéticas inter-específicas para evaluar la aplicación potencial del método de metabarcoding de ADN. En general, este trabajo destaca la importancia de expandir las bases de datos de códigos de barras y de analizar, a nivel regional, las lagunas en los códigos de barras de ADN.