La caña de azúcar se considera un cultivo industrial que produce azúcar. El número de cañas de azúcar transgénicas en el mercado está aumentando actualmente. Por lo tanto, es necesario investigar los posibles alérgenos y tóxicos en la caña de azúcar transgénica, ya que hay menos información sobre la seguridad alimentaria para el consumo humano. Se utilizaron análisis bioinformáticos y experimentales para la validación del potencial alergénico de la caña de azúcar transgénica que sobreexpresa la sintasa de sucrofato (SPS). El análisis bioinformático mostró que SPS no tiene homología con ninguna proteína alergénica conocida. Sin embargo, se detectó una secuencia contigua de ocho residuos idénticos, y se requiere una evaluación específica adicional para confirmar el potencial alergénico. Los resultados de la evaluación de la estabilidad de la proteína mostraron que SPS disminuyó gradualmente a 28 grados Celsius y se inactivó rápidamente a 60 grados Celsius y 90 grados Celsius mediante tratamiento térmico. Además, la proteína total se degradó en ensayos de fluidos gástricos simulados (SGF) y fluidos intestinales simulados (SIF) durante una incubación de un minuto. El nivel de IgE específica en la caña de azúcar transgénica y en los controles también mostró que no hay riesgo potencial de alergia. Se realizó un ensayo de toxicidad oral aguda mediante la administración por sonda oral de jugo de caña de azúcar transgénica en ratones. La DL para el jugo de caña de azúcar transgénica fue >25 gr/kg de peso corporal. Proponemos un método de desarrollo para la evaluación de la alergenicidad y toxicidad en la caña de azúcar transgénica.