La acidificación del estiércol se ha introducido como una medida para reducir las emisiones de amoníaco (NH) con el fin de mejorar la calidad del aire y proteger los entornos terrestres y acuáticos de la deposición de nitrógeno. Un adecuado control de las emisiones de NH mediante la acidificación del estiércol podría, sin embargo, resultar en un aumento de la lixiviación de nitrógeno de los campos fertilizados con efectos adversos en los ecosistemas de agua dulce y marinos, si la tasa general de aplicación de fertilizantes en los campos no se ajusta de acuerdo al valor incrementado del fertilizante del estiércol. Aplicamos un marco de modelo holístico que encapsula todos los compartimentos ambientales importantes para evaluar las consecuencias ecológicas y económicas de una práctica agrícola específica o una combinación de estas. Los resultados muestran que la acidificación del estiércol combinada con limpiadores de aire reduce las emisiones de NH y la deposición de nitrógeno atmosférico con efectos positivos sustanciales en el entorno terrestre. Aunque la acidificación del estiércol resulta en un ligero aumento en la entrada total de nitrógeno en los ecosistemas de agua dulce y marinos, el subsiguiente aumento en la concentración de clorofila y la disminución en la transparencia del agua es insignificante. Por lo tanto, según los resultados del modelo, la acidificación del estiércol mejorará la calidad de la naturaleza terrestre, sin efectos adversos significativos en los entornos acuáticos.