Evaluar la vulnerabilidad de los sistemas de transporte urbano a desastres por inundaciones puede proporcionar apoyo científico para la prevención y mitigación de desastres urbanos. Los métodos actuales para evaluar la vulnerabilidad a inundaciones de las carreteras urbanas a menudo pasan por alto las relaciones internas dentro de la compleja composición espacial de las redes viales y las estructuras de superficie. En este estudio, basado en la teoría de redes complejas, se establece un modelo de evaluación de red de doble capa para evaluar la vulnerabilidad a inundaciones de los sistemas de transporte urbano al acoplar datos geográficos básicos con datos vectoriales de la red vial. A diferencia de los métodos tradicionales, este modelo considera la compleja relación entre las estructuras de la red vial y las superficies del suelo, descubriendo una correlación entre la estructura de la red vial y la vulnerabilidad a inundaciones de las carreteras. Al utilizar este modelo, se evalúa cuantitativamente la vulnerabilidad a inundaciones de las redes viales en Shenzhen, así como la vulnerabilidad espacial a inundaciones de la ciudad. Con base en los resultados cuantitativos, creamos mapas que ilustran la distribución de la vulnerabilidad a inundaciones de las carreteras y la vulnerabilidad espacial a inundaciones en Shenzhen. Los resultados del estudio reflejan que las carreteras altamente vulnerables a inundaciones se encuentran principalmente en el área urbana central del suroeste, con la vulnerabilidad a inundaciones concentrada espacialmente principalmente en las regiones norte y oeste. Utilizando datos de informes gubernamentales, noticias y otras fuentes de los últimos cinco años, recopilamos instancias registradas de encharcamiento urbano. Los resultados cuantitativos del modelo son consistentes con la tendencia de distribución en los puntos de encharcamiento registrados, lo que indica que los resultados del modelo son auténticos y confiables.