Las vacunas COVID-19 se han vuelto fundamentales en la lucha contra la pandemia desde 2019. Sin embargo, los riesgos derivados de errores humanos, fallas en el equipo y emergencias durante el transporte en cadena de frío pueden poner en peligro la seguridad de las vacunas sin estándares de seguridad efectivos. Para garantizar la seguridad, eficiencia y calidad del transporte de vacunas COVID-19, este estudio empleó el método Delphi modificado (MDM) para crear un sistema de evaluación de calidad del transporte de vacunas en cadena de frío. Con el proceso de jerarquía analítica difusa (FAHP), luego clasificó la importancia de los indicadores. El sistema consta de 5 criterios y 26 subcriterios, destacando factores como las condiciones climáticas locales, la topografía, las características de las carreteras, la estandarización de la logística en cadena de frío y el desarrollo económico nacional. Estos impactan significativamente en la calidad del transporte de vacunas y en el riesgo. Se recomienda a las autoridades regionales abordar estos indicadores de alta prioridad mejorando el equipo, refinando los procedimientos operativos, fortaleciendo el monitoreo, ofreciendo capacitación, etc. Este enfoque integral podría minimizar posibles contratiempos en el transporte, garantizando la seguridad y calidad de las vacunas. Crucialmente, este sistema ofrece información valiosa para políticas de salud, organismos de transporte y empresas. Establece estándares de seguridad para el transporte de vacunas en cadena de frío y puede extenderse a otras vacunas o medicamentos. Esta contribución es fundamental para la gestión futura del transporte de vacunas.