El uso de índices bentónicos para evaluar el estado de calidad ecológica (EcoQs) de las granjas de moluscos puede proporcionar un valioso apoyo científico para su monitoreo ambiental, evaluación de impactos y gestión sostenible. En este estudio, aplicamos cinco índices bentónicos (el índice biótico marino de AZTI, BENTIX, el índice de poliquetos y anfípodos oportunistas bentónicos, el índice de contaminación bentónica y el AMBI multivariado) y un índice compuesto para evaluar los EcoQs de las granjas de moluscos en la bahía de Gangjin, Corea del Sur. Los resultados revelaron variaciones mensuales evidentes en los EcoQs, siendo el AMBI multivariado (M-AMBI) el que mostró el mejor rendimiento general entre los índices. Sin embargo, considerando la complejidad ecológica y la variabilidad espacial de los entornos de las granjas de moluscos, se recomienda el uso de los cinco índices bentónicos y el índice compuesto para evaluar de manera integral y precisa los EcoQs en las granjas de acuicultura.