La transición de hábitos de crecimiento anuales a perennes puede contribuir a una mayor sostenibilidad y diversificación de los sistemas de cultivo básicos, como los basados en trigo anual. Los anfiploides entre spp. pueden presentar una morfología similar al trigo y un rebrote posterior al ciclo sexual. La naturaleza compleja e impredecible de las reorganizaciones cromosómicas típicas de los híbridos intergenéricos puede obstaculizar el progreso en el desarrollo de este nuevo cultivo. Al utilizar hibridación fluorescente in situ, describimos la constitución genómica de tres líneas de cría de trigo perenne que rebrotaron y completaron un segundo año de producción en condiciones de campo en el estado de Washington (EE. UU.). Dos líneas de cría presentaron anfiploides parciales estables de 56 cromosomas; sin embargo, su composición cromosómica difería significativamente. La tercera línea de cría presentó un cariotipo inestable con un número de cromosomas que variaba de 53 a 58 en ocho individuos. El rendimiento agronómico de las líneas de cría perenne se evaluó durante dos temporadas de cultivo de 2020 a 2022. Los rendimientos de grano de las líneas perennes fueron inferiores a la producción de grano de la línea de control de trigo anual en la primera temporada. Las líneas perennes mostraron un rebrote vigoroso después de la cosecha inicial; sin embargo, el empeoramiento de las condiciones ambientales en la segunda temporada de crecimiento obstaculizó el crecimiento posterior y el rendimiento de grano. Esta información facilita el trabajo de cría necesario para mejorar rasgos clave agrupando individuos agronómicamente valiosos según su constitución genómica.