Para verificar la calidad microbiana de los influentes y efluentes de una planta de tratamiento de aguas residuales (PTAR) del sur de Brasil, se realizó un estudio de ocho meses para examinar la presencia de coliformes totales y fecales, así como de adenovirus (HAdV), enterovirus (EV), rotavirus del genogrupo A (GARV) y virus Torque teno (TTV), en muestras de efluentes tratados de la PTAR São João/Navegantes, Porto Alegre (Brasil). Se recolectaron 16 muestras: ocho de influente (aguas residuales sin tratar, antes del tratamiento) y ocho de efluente (aguas residuales postratamiento). Se detectaron niveles de coliformes totales y fecales que oscilaron entre 3,6 × 10⁻¹ y 4,4 × 10⁻¹ NMP/100 mL y entre 2,9 × 10⁻¹ y 1,7 × 10⁻¹ NMP/100 mL en todas las muestras. En aguas residuales sin tratar, se detectaron genomas virales de HAdV (25%) y GARV (28,6%). El análisis de las muestras de efluentes reveló la presencia de fragmentos genómicos de HAdV (50%), EV (37,5%) y TTV (12,5%). Todas las muestras, independientemente del mes analizado, presentaron detección de al menos un género viral, excepto en abril. Se observaron tasas de detección de virus más altas en las muestras de aguas residuales tratadas (62,5%), y en el 80% de ellas (muestras positivas para efluentes) se detectó HAdV. Los resultados mostraron que es necesario mejorar los procesos de monitoreo y tratamiento de aguas residuales para reducir la carga viral y bacteriana en el medio ambiente del sur de Brasil. Según el conocimiento de los autores, este es el primer estudio que muestra el monitoreo de genomas virales en muestras de afluentes y efluentes de una planta de tratamiento de aguas residuales (PTAR) ubicada en Porto Alegre (Rio Grande do Sul, Brasil), en el sur de Brasil.