El biomonitoreo es una herramienta económica y eficaz para evaluar la calidad del agua e inferir sobre el equilibrio de los ecosistemas acuáticos. Los macroinvertebrados bentónicos son bioindicadores sensibles a los cambios ambientales y pueden ayudar a detectar y prevenir impactos como el enriquecimiento orgánico y el desequilibrio en la cadena alimentaria. Comparamos la estructura de las comunidades bentónicas en muestreadores de sustrato artificial ubicados cerca y lejos de las jaulas de red para la producción de tilapia del Nilo (Oreochromis niloticus). Los muestreadores se fabricaron con red de nailon, utilizando sustratos como piedra triturada, grava, lufa y hojas de espadaña. Las muestras se recolectaron después de 30 días de colonización, se enjuagaron y luego se identificaron y cuantificaron los especímenes. Se calcularon las siguientes métricas: riqueza de Unidades Taxonómicas Operativas, riqueza de Margalef, abundancia de individuos, índice de Shannon e índice de uniformidad. La estructura de la comunidad macrobentónica se modificó significativamente según la proximidad de las jaulas de red. Las métricas mostraron diferencias significativas (p < 0,05) entre los sitios cercanos y distantes, en ambos períodos (temporada seca y lluviosa). La ubicación de los muestreadores afectó significativamente la estructura de la comunidad de macroinvertebrados, ya que los sitios cercanos mostraron valores más altos en las métricas de la comunidad, como la riqueza y la diversidad. Los sitios cercanos presentaron un mayor número de individuos, observado tanto en la temporada seca como en la lluviosa, con predominio de quironómidos (dípteros) en la temporada seca y tubificiformes (oligoquetos) en la temporada lluviosa.