La construcción de represas en los ríos altera el flujo del agua y altera la organización de la ictiofauna. Investigamos un embalse con conexión permanente y condiciones ambientales homogéneas entre las zonas por encima y por debajo de la presa. La temperatura fue comparativamente más alta durante la temporada de lluvias, independientemente de la zona, y ambas zonas presentaron mayor oxígeno disuelto, conductividad y transparencia en la temporada seca. Se recolectó un total de 1687 individuos de 27 especies en la zona río abajo, mientras que el embalse registró 879 individuos de 23 especies. Cada zona presentó diferente composición y estructura de los ensambles de peces, pero estos ensambles no se explicaron por las variables ambientales examinadas (r² = 0,08; p = 0,307). Especies migratorias como Pimelodus maculatus, Pimelodus fur, Leporinus copelandii y Prochilodus lineatus fueron las más afectadas y probablemente se les impida realizar migraciones río arriba. Por otro lado, especies adaptadas a la fauna léntica, como G. brasiliensis, Hoplias malabaricus y Hoplosternum littorale, colonizaron con éxito el embalse. Por lo tanto, concluimos que la presencia de conectividad hidrológica lateral por sí sola no garantiza la conectividad ecológica, ya que la similitud de los conjuntos de peces difirió entre las dos zonas. Es necesario monitorear y gestionar las instalaciones de paso de peces para evaluar y mejorar su funcionalidad.