La Cuenca del Río Sinos (CRS) se ubica en la región noreste del estado de Rio Grande do Sul (29°20’ a 30°10’S y 50°15’ a 51°20’O), al sur de Brasil, y abarca dos provincias geomorfológicas: la meseta sur y la depresión central. Forma parte de la cuenca del Guaíba, tiene una superficie aproximada de 800 km² y comprende 32 municipios. La cuenca abastece de agua potable a 1,6 millones de habitantes en uno de los centros industriales más importantes de Brasil. Este estudio describe diferentes índices de calidad del agua (ICA) utilizados para las subcuencas de tres importantes arroyos de la CRS: los arroyos Pampa, Estância Velha/Portão y Schmidt. Los parámetros físicos, químicos y microbiológicos evaluados bimensualmente con muestras recolectadas en cada nacimiento de agua se utilizaron para calcular el Índice de Horton (HI), el Índice de Dinius (ID) y el índice de calidad del agua adoptado por la Fundación Nacional de Saneamiento de Estados Unidos (NSF WQI) en sus formas aditiva y multiplicativa. Estos índices describen los niveles promedio de calidad del agua en los nacimientos de agua. Los resultados obtenidos para estos tres índices mostraron un escenario preocupante en el que la calidad del agua ya se ha visto afectada negativamente en los sitios donde comienzan a formarse tres importantes subcuencas en la cuenca del río Sinos.