La contaminación ambiental mundial aumenta al mismo ritmo que el desarrollo social y económico. Sin embargo, este crecimiento es desorganizado y provoca una mayor degradación de los recursos hídricos. El agua, que antes se consideraba inagotable, se ha convertido en el foco de preocupación ambiental, ya que es esencial para la vida y para numerosos procesos de producción. Este artículo describe el monitoreo de la calidad del agua en tres puntos a lo largo del río Sinos (RS, Brasil), uno en cada uno de los tramos superior, medio e inferior. Los puntos fueron muestreados en 2013 y nuevamente en 2014. Las muestras de agua se analizaron para determinar los siguientes parámetros físicos y químicos, además de la genotoxicidad para los peces: metales (Cr, Fe, Al), demanda química de oxígeno, demanda bioquímica de oxígeno, cloruros, conductividad, sólidos suspendidos totales, fósforo total, coliformes totales y fecales, pH, oxígeno disuelto, turbidez, nitrógeno total Kjeldahl, nitrato y nitrógeno amoniacal. La genotoxicidad se evaluó exponiendo individuos de la especie Astyanax jacuhiensis a muestras de agua y comparándolos con un grupo de control expuesto a agua del suministro público. Los resultados confirmaron la presencia de sustancias con potencial genotóxico en los puntos de muestreo ubicados en los tramos medio e inferior del río. Los resultados de las muestras del tramo superior, en P1, no mostraron diferencias con respecto al grupo de control. Los análisis físicos y químicos no detectaron reducciones en la calidad del agua en el tramo inferior, como se preveía, dados los grandes volúmenes de efluentes domésticos e industriales vertidos en esta parte del río.