Se evaluó la frecuencia de la enfermedad de la mancha negra causada por trematodos digenéticos en peces como indicador de la calidad del agua en la cuenca del lago Guaíba. Se estandarizaron y tomaron muestras trimestrales con red de cerco en once sitios de la cuenca. Se recolectaron y analizaron un total de 53.408 individuos de 66 especímenes pertenecientes a 22 familias y 8 órdenes. La mayor frecuencia de la enfermedad se encontró en Astyanax fasciatus. La prueba simple de Chi-cuadrado aplicada a la especie mostró una frecuencia de ocurrencia estadísticamente significativa en tres sitios muestreados. Dos de estos sitios mostraron las mayores frecuencias durante dos períodos de muestreo consecutivos de un año y los mejores niveles de calidad del agua. Los resultados de este estudio sugieren que la asociación entre la alta frecuencia de infestación por un parásito que causa la enfermedad de la mancha negra en peces y ambientes con menor degradación de la calidad del agua, registrada a partir de variables físicas, químicas y microbiológicas, podría utilizarse como indicador de la calidad del agua en estos ambientes.