El deterioro de la calidad ambiental en la cuenca del río Sinos está directamente relacionado con los impactos de la intensa industrialización y urbanización. En julio y septiembre de 2012, se realizó una evaluación ambiental integrada (EAI) en las áreas a lo largo de las fuentes de los arroyos EstânciaVelha/Portão, Pampa y Schmidt, utilizando métodos físicos, químicos y biológicos. El agua en los tres sitios de muestreo no era apta para el consumo humano, presentaba un bajo índice de contaminación tóxica (ICT) y características mesotróficas. Un sitio se incluyó en la Clase 4 y dos, en la Clase 3, según la legislación vigente. El protocolo de evaluación rápida (PAR) indicó una condición ambiental natural para la diversidad del hábitat y el impacto ambiental en los tres sitios. El biomarcador Boom de Tradescantia pallida (Rose) D.R. Hunt var. purpurea mostró genotoxicidad hídrica en dos de los sitios. El diagnóstico integrado de la calidad del agua en estos cauces es fundamental para asegurar la gestión sostenible de los recursos hídricos y sus múltiples usos, así como para estimar su contribución a la contaminación en esta cuenca.