El peso de cien semillas (HSW) y la duración del período reproductivo (RPL) son dos rasgos agronómicos principales críticos para la producción y adaptación de la soja. Sin embargo, ambos rasgos están controlados cuantitativamente por múltiples genes que aún no se han elucidado de manera integral debido a la falta de genes principales; por lo tanto, la base genética es en gran medida desconocida. En el presente estudio, realizamos análisis de asociación genómica a gran escala (GWAS) de HSW y RPL con múltiples conjuntos de accesiones que fueron fenotipadas en diferentes entornos. El análisis a gran escala llevó a la identificación de sesenta y un y setenta y cuatro QTLs significativos para HSW y RPL, respectivamente. Un análisis de búsqueda basado en ortólogos priorizó los genes candidatos más prometedores para los QTLs, incluidos nueve genes para los QTLs de HSW y nueve genes y seis genes conocidos de tiempo de floración de soja para los QTLs de RPL. También demostramos que algunos QTLs fueron seleccionados durante la domesticación para impulsar la selección artificial de ambos rasgos hacia rasgos favorecidos por el ser humano. La adaptación local probablemente contribuye a la mayor diversidad genómica de los QTLs subyacentes a RPL. Los resultados proporcionan información adicional sobre la base genética de HSW y RPL y priorizan un recurso valioso de genes candidatos que merece una investigación más profunda para revelar el complejo mecanismo molecular y facilitar la mejora de la soja.