Este artículo resulta de las discusiones generadas durante el "Simposio de Ecología de Arroyos" que se llevó a cabo en el XIII Congreso de la Sociedad Brasileña de Limnología en septiembre de 2011 en Natal, Brasil. Basándonos en nuestras experiencias, planteamos varias preguntas relacionadas con los estudios ecológicos de arroyos de cabecera que enfrentan amenazas bajo los cambios globales y propusimos numerosos temas para ser abordados en estudios futuros en Brasil. Estos estudios tratan la necesidad de conocer la biología de las especies y la elaboración de modelos para evaluar cambios (lo que implica la disponibilidad de series temporales o conjuntos de datos a gran escala); la ecología de las zonas ribereñas y el intercambio de materiales y energía a través de los límites tierra-agua; las conversiones forestales, y las estrategias estandarizadas de muestreo y tratamiento de datos para evaluar el cambio global.