Las enfermedades neurodegenerativas (END) manifiestan una amplia variedad de síntomas clínicos dependiendo de las regiones cerebrales afectadas. Obtener información sobre por qué ciertas regiones son resistentes mientras que otras son susceptibles es vital para avanzar en las estrategias terapéuticas. Si bien los cambios en la expresión génica ofrecen pistas sobre las respuestas a la enfermedad en las diferentes regiones del cerebro, la mezcla de tipos celulares en ellas oscurece los resultados experimentales. En los últimos años, se han utilizado ampliamente métodos que analizan los transcriptomas de células individuales (por ejemplo, la secuenciación de ARN de una sola célula o scRNAseq) y han proporcionado información invaluable sobre tipos celulares específicos. Concurrentemente, las técnicas basadas en transgenes que disecan los translatomas específicos de tipo celular (CST) en sistemas modelo, como RiboTag y bacTRAP, ofrecen ventajas únicas pero han recibido menos atención. Esta revisión yuxtapone los méritos y desventajas de ambas metodologías, centrándose en el uso de CST en la comprensión de condiciones como la esclerosis lateral amiotrófica (ELA), la enfermedad de Huntington (EH), la enfermedad de Alzheimer (EA) y enfermedades priónicas específicas como la insomnio familiar fatal (IFF), la enfermedad de Creutzfeldt-Jakob genética (gCJD) y la enfermedad priónica adquirida. Concluimos discutiendo las tendencias emergentes observadas en múltiples enfermedades y métodos emergentes.