Para explorar los portainjertos de calidad que confieren mejores frutos en variedades de mango, estudiamos el efecto interactivo del injerto y el portainjerto utilizando cinco variedades de mango (Mallika, Amrapali, Dashehari, Pusa Arunima y Pusa Surya) injertadas en tres portainjertos (Olour, Kurukkan y K-5). Un total de 25 parámetros fisicoquímicos fueron estudiados en las cinco variedades injertadas, peso de la fruta, eficiencia de rendimiento, frutas por planta, porcentaje de pulpa, sólidos solubles totales (TSS), acidez, pérdida fisiológica de peso (PLW), grosor de la cáscara, tasa de respiración, etc., y se encontró que se alteraban a través de la interacción injerto-portainjerto. Entre las cinco variedades de mango, el portainjerto Olour demostró ser el mejor para mejorar la calidad de la fruta y la vida útil utilizando el enfoque de injerto. El agrupamiento basado en rasgos fisicoquímicos no pudo agrupar con precisión las variedades de injerto según su portainjerto de injerto. Se diseñaron un total de 35 marcadores específicos de vida útil a partir de genes de maduración, como, etc. De estos cebadores específicos, 24 mostraron polimorfismo entre los genotipos estudiados. La diversidad génica (GD), alelo por locus (An), contenido de información de polimorfismo (PIC) y frecuencia de alelo mayor (MAF) observados fueron 0.43, 2.00, 0.34 y 0.63, respectivamente. El análisis de conglomerados mostró claramente que el injerto de la variedad en el portainjerto Kurukkan y Olour, y las variedades de injerto injertadas en el portainjerto K-5 agrupadas juntas tienen más similitudes. Un total de ocho loci de microsatélites simples (SSRs) estaban asociados con ocho rasgos fisiológicos. Se observó una fuerte asociación de los loci SSR NMSLC-12 y NMSLC-14 con la eficiencia de rendimiento y el peso de la fruta con una varianza fenotípica del 85% y 70%, respectivamente.