El conocimiento de la biología reproductiva de una especie es fundamental para desarrollar un programa eficiente de mejora genética mediante hibridación. Se estudió la viabilidad del polen, la dehiscencia de la antera, la receptividad del estigma y la antesis de 12 líneas mejoradas de chile Habanero para desarrollar un programa de cruce. Entre los resultados, se cuantificó el mayor número de flores en antesis a las 8:00 a.m. para la mayoría de los genotipos. La dehiscencia de la antera difirió significativamente en las etapas evaluadas, observando en los capullos de flores el 100% de las anteras cerradas. La receptividad fue positiva en todas las etapas evaluadas (antes, durante y después de la antesis) y en todos los genotipos, siendo el genotipo AKN-08 el más destacado, que presentó el 100% de receptividad en las tres etapas evaluadas. La viabilidad del polen varió entre los diferentes tiempos de conservación evaluados (0, 24 y 48 h) mientras que el mayor porcentaje de viabilidad (80%) y el mayor número de semillas por fruto (56) se obtuvieron cuando se utilizó polen recién recolectado (tiempo 0). Estos resultados tendrán una repercusión importante en la mejora del chile Habanero al aumentar la eficiencia de los programas para obtener híbridos y/o variedades mejoradas.