El pangolín de Formosa es un animal endémico de Taiwán. Debido a su población reducida y comportamiento, se sabe muy poco sobre esta enigmática especie. Para desentrañar la reproducción del pangolín macho, en el presente estudio, construimos una base de datos genómica completa del tracto reproductivo del pangolín macho de Formosa y revelamos genes de alta expresión, así como vías de señalización críticas y sus procesos biológicos asociados tanto en los testículos como en el epidídimo. Además, evaluamos al gato doméstico como una posible especie modelo para la reproducción del pangolín macho al comparar sus transcriptomas testiculares. Demostramos una clara expresión génica específica de tejido que apoya la firma biológica única de cada tejido reproductivo e identificamos genes críticos de los diferentes órganos reproductivos. El análisis de enriquecimiento de vías reveló vías únicas en los testículos, así como una clara transición epididimal. Además, los gatos domésticos, a pesar de ser la especie doméstica más cercana al pangolín, demostraron su inadecuación como especie modelo de reproducción masculina, ya que se observaron claras diferencias en la diferenciación y el metabolismo de los espermátides. Estos resultados permiten una mejor comprensión de las características de la reproducción del pangolín macho y pueden inspirar mejoras en las estrategias de conservación del pangolín de Formosa.