Un análisis exhaustivo de lncRNA y mRNA revela el efecto de ZBED6 en el crecimiento del bazo en cerdos
Autores: Wang, Dandan; Wang, Shengnan; Tian, Wenjie; Ma, Yuehui; Jiang, Lin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Un análisis exhaustivo de lncRNA y mRNA revela el efecto de ZBED6 en el crecimiento del bazo en cerdos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas Generales
Palabras clave
Factor de transcripción
Proteína que contiene el dominio BED de dedo de zinc 6
Factor de crecimiento similar a la insulina 2
Cerdos KO
Crecimiento del bazo
LncRNAs
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 46
Citaciones: Sin citaciones
El factor de transcripción proteína 6 que contiene el dominio BED de dedo de zinc () es único en mamíferos placentarios y regula la expresión del factor de crecimiento similar a la insulina 2 (), lo que conduce al crecimiento muscular. Sin embargo, el efecto de en el crecimiento del bazo aún es desconocido. En este estudio, exploramos la regulación de en el crecimiento del bazo, y los resultados mostraron que los cerdos knockout (KO) tenían bazo más pesado que los cerdos de tipo salvaje (WT). Para analizar el mecanismo del aumento de peso del bazo en los cerdos KO, se analizaron ARN largos no codificantes (lncRNAs) y ARNm en las muestras de bazo (WT: KO cerdos = 3:3) para identificar lncRNAs diferencialmente expresados (DE-lncRNAs) y genes (DEGs) basados en el método de secuenciación de ARN (RNA-seq). Luego, se obtuvieron 142 DEGs y 82 DE-lncRNAs. Los resultados de qRT-PCR fueron consistentes con los de RNA-seq, lo que indica que los datos eran confiables. El mayor peso del bazo de los cerdos KO coincidió con la significativa regulación positiva del ARNm. El análisis de enriquecimiento funcional de DEGs mostró principalmente enriquecimiento en ensamblaje de miofibrillas y sarcómero. Además, se predijeron 252 genes diana cis y 109 trans de los 82 DE-lncRNAs. El análisis conjunto de lncRNA y ARNm reveló que , los DE-lnRNAs (, , , , y ), y sus genes diana pueden ser los genes candidatos clave en la promoción del crecimiento del bazo en cerdos KO. Este estudio proporciona nuevas direcciones para comprender las funciones globales de y lncRNAs en el crecimiento del bazo en cerdos.
Descripción
El factor de transcripción proteína 6 que contiene el dominio BED de dedo de zinc () es único en mamíferos placentarios y regula la expresión del factor de crecimiento similar a la insulina 2 (), lo que conduce al crecimiento muscular. Sin embargo, el efecto de en el crecimiento del bazo aún es desconocido. En este estudio, exploramos la regulación de en el crecimiento del bazo, y los resultados mostraron que los cerdos knockout (KO) tenían bazo más pesado que los cerdos de tipo salvaje (WT). Para analizar el mecanismo del aumento de peso del bazo en los cerdos KO, se analizaron ARN largos no codificantes (lncRNAs) y ARNm en las muestras de bazo (WT: KO cerdos = 3:3) para identificar lncRNAs diferencialmente expresados (DE-lncRNAs) y genes (DEGs) basados en el método de secuenciación de ARN (RNA-seq). Luego, se obtuvieron 142 DEGs y 82 DE-lncRNAs. Los resultados de qRT-PCR fueron consistentes con los de RNA-seq, lo que indica que los datos eran confiables. El mayor peso del bazo de los cerdos KO coincidió con la significativa regulación positiva del ARNm. El análisis de enriquecimiento funcional de DEGs mostró principalmente enriquecimiento en ensamblaje de miofibrillas y sarcómero. Además, se predijeron 252 genes diana cis y 109 trans de los 82 DE-lncRNAs. El análisis conjunto de lncRNA y ARNm reveló que , los DE-lnRNAs (, , , , y ), y sus genes diana pueden ser los genes candidatos clave en la promoción del crecimiento del bazo en cerdos KO. Este estudio proporciona nuevas direcciones para comprender las funciones globales de y lncRNAs en el crecimiento del bazo en cerdos.