El objetivo de este estudio realizado en Serbia fue detectar el VHE en muestras de hígado de cerdo de mataderos, puntos de venta y hisopos ambientales a lo largo de un año. Todas las muestras positivas de VHE se midieron y expresaron como copias del gen VHE por gramo de muestra, y un número representativo de muestras se secuenció utilizando el enfoque Sanger. Un total de 45 muestras positivas de VHE fueron reamplificadas utilizando RT-PCR anidada empleando cebadores CODEHOP que apuntan a ORF2 (493 nucleótidos). La prevalencia promedio del genotipo 3 del VHE en todas las muestras de hígado de cerdo de los mataderos fue del 29%, mientras que la prevalencia del VHE fue del 44% en muestras de hígado de animales menores de 3 meses. Se encontró ARN del VHE en trece de sesenta (22%) muestras de hisopos ambientales que se tomaron de diferentes superficies a lo largo de la línea de sacrificio. Nuestros hallazgos confirmaron patrones estacionales en la prevalencia del VHE, con dos picos (períodos de verano e invierno) durante el examen de un año. Entre las muestras positivas de VHE, el promedio de partículas virales para todas las muestras de hígado positivas fue de 4.41 +/- 1.69 log copias del genoma por gramo. El análisis filogenético reveló que la mayoría de las cepas de VHE (43/45) de Serbia se agruparon en el subtipo VHE-3a, mientras que dos cepas se clasificaron en el subtipo VHE-3c, y una cepa no pudo clasificarse en ninguno de los subtipos VHE-3.