Las cuevas kársticas subterráneas pueden contener una biodiversidad inesperada, pero se han realizado pocos estudios relacionados con la genética de poblaciones de arañas en el área kárstica del sur de China. En este estudio, investigamos la estructura genética poblacional de (Song & Zhu, 1994) basada en 73 muestras de arañas de seis poblaciones subterráneas en el Karst del sur de China. El análisis de la estructura genética poblacional mostró una clara divergencia (> 0.9 y Nm < 0.05) entre las poblaciones según los genes mitocondriales. El árbol filogenético de genes construido por los métodos BI y ML recuperó seis clados geográficos. La estimación del tiempo de divergencia indicó que la divergencia de estas seis poblaciones se puede rastrear hasta el final del Pleistoceno. Supusimos que el aislamiento geográfico llevó a la estructura poblacional extrema. Según este estudio y estudios previos sobre troglóbidos que viven en esta región, los hábitats subterráneos de la meseta de Yunnan-Guizhou pueden contener muchos organismos con estructuras genéticas similares. La biodiversidad subterránea en el área kárstica del sur de China necesita ser reevaluada y protegida.