En la producción avícola, el contenido de grasa muscular juega un papel crítico en la determinación de la calidad de la carne. Caracterizar con precisión la composición y los perfiles moleculares de lípidos de los músculos pectorales es esencial para avanzar tanto en las prácticas de producción como en las estrategias de cría. Sin embargo, los estudios existentes relacionados con lípidos siguen siendo limitados a un rango estrecho de especies avícolas, y la influencia de la selección artificial sobre los mecanismos regulatorios de lípidos sigue siendo poco comprendida. En este estudio, realizamos un análisis integral de lipidómica, RNA-seq y presiones selectivas en los músculos pectorales maduros de cuatro especies avícolas representativas: pollos de engorde Arbor Acres (AA), pollos guifei enanos (AG), codornices (AC) y palomas (AD). El objetivo era lograr una caracterización molecular precisa y elucidar los mecanismos regulatorios subyacentes. Nuestros hallazgos revelaron diferencias inter-especies significativas en el contenido de lípidos, particularmente en TG (triglicéridos) y PC (fosfatidilcolinas), siendo los lípidos PC biomarcadores clave para distinguir con precisión los perfiles lipídicos entre los músculos pectorales de estas especies. Además, los genes involucrados en el metabolismo de glicerolípidos y glicerofosfolípidos, incluyendo PLA2G12A, LPCAT2, DGAT2 y PEMT, mostraron patrones de expresión divergentes y experimentaron presiones selectivas diferenciales entre las cuatro especies avícolas. Estos hallazgos proporcionan evidencia experimental valiosa para mejorar nuestra comprensión de la caracterización molecular de lípidos en los músculos pectorales de aves y ofrecen perspectivas para optimizar las estrategias de cría para mejorar los rasgos de calidad de la carne.