Los estuarios juegan un papel crucial en el ciclo del carbono regional. Hasta ahora, las estimaciones precisas del impacto de las variables ambientales en los flujos de CO entre el aire y el agua estuarina han estado caracterizadas principalmente por una baja resolución de muestreo espacial y temporal. Este estudio informa sobre las variaciones de la presión parcial de CO (CO) y los parámetros ambientales relacionados, tanto a escalas temporales de marea como estacionales, en el agua de mar superficial de una estación ubicada en la sección inferior del estuario del Tajo, Portugal. El estudio se llevó a cabo de febrero a diciembre de 2007. Los flujos de CO entre el aire y el agua sugieren que el estuario inferior actuó como una fuente relativamente débil de CO hacia la atmósfera, con una tasa promedio de 7.2 mol/m^2/año, siendo los flujos más altos en invierno. A lo largo de un ciclo de marea, el CO fue influenciado principalmente por la mezcla inducida por la marea. Los resultados sugieren una influencia de los aportes del estuario superior y central con valores de CO más altos. El CO varió estacionalmente, con valores que disminuyeron de ~890 uatm en invierno a ~400 uatm en verano y aumentaron nuevamente a ~990 uatm en otoño. El modelo lineal generalizado (GLM) aplicado al conjunto de datos explicó el 69.3% de la variabilidad del CO, señalando el efecto termodinámico de la temperatura y la actividad biológica como los procesos más relevantes en la dinámica del CO. La variación de CO debida a la marea correspondió a ~35% de su variabilidad estacional, denotando la importancia de las condiciones de marea en la dinámica del carbono inorgánico. Los resultados mostraron patrones distintos en la dinámica del CO a escala de marea. Este resultado sugiere que ignorar la variabilidad de la marea en el uso de conjuntos de datos estacionales puede llevar a errores significativos en las estimaciones del presupuesto anual de carbono.