(1) Antecedentes: la paratuberculosis es una enfermedad importante en rumiantes, causando pérdidas económicas a la industria ganadera en todo el mundo. Aunque se sabe que la vacunación no previene la transmisión del agente causante subsp. (Map), se considera una herramienta efectiva para la paratuberculosis en rebaños infectados. Los objetivos de este estudio de campo controlado fueron evaluar los efectos de la vacuna Silirum de células completas inactivadas por calor sobre la excreción fecal de Map y el estado serológico en rebaños lecheros infectados con paratuberculosis. (2) Métodos: El estado serológico (ELISA) y la excreción fecal (qPCR) de 358 vacas vacunadas se evaluaron durante 3 años en 7 rebaños lecheros infectados en el departamento de Meuse, Francia. Dentro de cada rebaño, se utilizaron vacas de la última cohorte de nacimiento no vacunada (= 265) como controles. La probabilidad y el nivel de excreción fecal de Map y el estado serológico se modelaron utilizando modelos de regresión lineal general mixta multivariable. (3) Resultados: En general, el 34.7% de las vacas dieron positivo al menos una vez en qPCR fecal, con diferencias significativas entre rebaños, pero se observaron altos niveles de excreción en solo el 5.5% de las vacas. En comparación con las vacas no vacunadas seronegativas, se encontró una reducción estadísticamente significativa en la probabilidad de excreción de Map solo en vacas vacunadas antes de los 4 a 5 meses de edad que dieron negativo para anticuerpos de Map durante todo el período de estudio (razón de probabilidades = 0.5, intervalo de confianza del 95%: 0.3-0.9, 0.008), pero no se pudo evidenciar un efecto significativo de la vacunación sobre la cantidad de excreción de Map. Finalmente, cuanto más jóvenes eran las vacas al ser vacunadas, menos positivas resultaron en el ELISA serológico. (4) Conclusiones: puede existir un efecto beneficioso de la vacunación sobre la excreción fecal de Map en vacas vacunadas antes de los 4 a 5 meses de edad. La variabilidad de la respuesta del ELISA serológico en vacas vacunadas aún debe ser investigada.