México alberga más del 50% de la diversidad genética del maíz en las Américas. Las variedades nativas de maíz son gestionadas activamente por productores de pequeña escala dentro de una diversa gama de sistemas de cultivo. El uso, intercambio y mezcla de lotes de semillas tiene consecuencias para la conservación in situ de tales variedades. Aquí analizamos las dinámicas de gestión de semillas de maíz nativo de 906 productores de pequeña escala encuestados en tres estados mexicanos: Ciudad de México, Oaxaca y Chiapas. Además, analizamos cómo sus prácticas de gestión pueden relacionarse con la presencia de transgenes, que fue documentada experimentalmente para muestras de maíz asociadas con las encuestas aplicadas. A través de un enfoque de minería de datos, investigamos qué prácticas podrían estar relacionadas con una mayor probabilidad de presencia de transgenes. Las variables que mostraron una fuerte asociación espacial con la presencia de transgenes fueron: para la Ciudad de México, productores de maíz con parcelas más grandes; para Oaxaca, la edad del productor (43-46 años) y la venta de semillas; para Chiapas, el uso de maquinaria agrícola y productores más jóvenes (37-43 años). Además, se analizó la presencia y frecuencia de transgenes dentro de las regiones socioeconómicas de Oaxaca y Chiapas. En Oaxaca, se observaron frecuencias más altas de transgenes en regiones donde se había reportado previamente su presencia. En Chiapas, en las regiones fronterizas con Guatemala, así como en una región donde se lleva a cabo la reproducción de semillas mejoradas, se encontró la mayor proporción de muestras positivas. Un mapeo detallado de los mercados regionales de semillas y sitios de intercambio de semillas, junto con la implementación de medidas de bioseguridad nacionales y locales, podría ayudar a prevenir la propagación adicional de transgenes en variedades nativas de maíz, así como mejorar los esfuerzos de conservación.