Los murciélagos juegan un papel vital en nuestros ecosistemas y pueden portar una variedad de microorganismos, algunos de los cuales pueden causar enfermedades en los humanos. A medida que las actividades humanas alteran sus hábitats naturales, las interacciones entre los murciélagos y las personas están aumentando, lo que hace crucial entender los patógenos que albergan. Este estudio se centró en identificar bacterias potencialmente dañinas y piroplasmidos en murciélagos de cuatro cuevas en el sur de Italia. Durante un período de más de dos años, recolectamos muestras de 149 murciélagos que representan diferentes especies. Nuestros hallazgos revelaron la presencia de spp. y piroplasmidos en estos murciélagos y sus ectoparásitos, lo que indica que podrían servir como fuentes de infección tanto para animales como para humanos. Los murciélagos fueron negativos para los otros patógenos investigados, incluidos spp., spp., spp. y spp. Comprender los patógenos específicos presentes en los murciélagos y sus modos de transmisión es esencial para la salud pública. Este estudio subraya la importancia de monitorear las poblaciones de murciélagos, ya que pueden contribuir a la propagación de enfermedades, y destaca la necesidad de estudiar su microbiota para mejorar las protecciones tanto para la salud humana como animal.