Los sistemas de producción en patios traseros (BPS) están distribuidos en todo el mundo, criando animales reconocidos como reservorios de patógenos zoonóticos y productores de toxina Shiga (STEC). El objetivo de este estudio fue caracterizar los aislamientos de ambos patógenos obtenidos de animales criados en BPS de dos regiones centrales de Chile. La presencia de patógenos se determinó mediante cultivo bacteriano y PCR confirmatoria para cada BPS muestreado, calculando tasas de positividad. Se utilizó regresión logística multivariada para determinar factores de riesgo. Además, se determinó la resistencia antimicrobiana fenotípica. Se determinó una tasa de positividad del 2.88% para y del 14.39% para STEC en la región de estudio completa (regiones de Valparaíso y Metropolitana). El análisis de factores de riesgo sugiere que la presencia de rumiantes (OR = 1.03; IC del 95% = 1.002-1.075) aumenta el riesgo de BPS positivos para STEC, y la presencia de rumiantes (OR = 1.05; IC del 95% = 1.002-1.075) y que los manipuladores de animales sean exclusivamente mujeres (OR = 3.54; IC del 95% = 1.029-12.193) aumentan el riesgo de positividad para STEC. El ochenta por ciento de los aislamientos fueron multirresistentes, y todos los STEC fueron resistentes a Cefalexina. Este estudio evidencia la circulación de cepas bacterianas zoonóticas multirresistentes en animales mantenidos en BPS y la presencia de factores que modifican el riesgo de positividad de BPS para ambos patógenos.