En el Parque Nacional Tablas de Daimiel (TDNP), un sistema de humedales semiárido en España de importancia internacional, se cree que los contaminantes de diversas fuentes se acumulan. En el estudio aquí reportado, evaluamos suelos de la parte inundada de este humedal en un esfuerzo por establecer relaciones entre la abundancia/estructura de comunidades microbianas (principalmente cianobacterias) y ciertas propiedades del suelo (potencial redox, oxígeno disuelto, materia orgánica, reacción del suelo, conductividad eléctrica, carbonato de calcio, nitrógeno total, fósforo soluble y fósforo total). Este objetivo se logró estableciendo un transecto desde la entrada hasta la salida de la llanura de inundación, incluyendo muestreo de sitios potencialmente contaminados. Se encontraron variaciones sustanciales entre los sitios de muestreo en el suelo en términos de salinidad, oxígeno disuelto (OD), materia orgánica (MO), fósforo total (FT) y nitrógeno (N). La presencia de productores primarios fue más evidente en muestras contaminadas. Además del calcio, altos niveles de materia orgánica oxidizable, trazas de oxígeno disuelto y cantidades considerables de nitratos y fosfatos probablemente estimularon el crecimiento de cianobacterias; estas últimas características pueden explicarse por la influencia de aguas residuales de actividades urbanas, industriales y agrícolas que desembocan directamente en este único humedal. En el futuro, será necesario entender los efectos sinérgicos de otras propiedades del suelo.