Una alta tasa de abscisión de vainas en plantas de soja resulta en una disminución significativa en el rendimiento por planta. Bajo condiciones de siembra densa, los cultivares de soja tolerantes a la densidad tenían una tata relativamente baja de abscisión de vainas, facilitando así un rendimiento más alto. En este experimento, se utilizaron dos densidades de siembra para analizar los genes y metabolitos expresados diferencialmente entre las flores abscindidas y no abscindidas de dos cultivares de soja en base a técnicas transcriptómicas y metabolómicas. La tasa de abscisión de flores de LD32 fue significativamente menor que la de SND28. Ambos cultivares estaban enriquecidos en las vías de fotosíntesis, metabolismo de azúcares y almidón; señalización MAPK; y metabolismo de fenilalanina en diferentes densidades de siembra. Sin embargo, bajo siembra densa, la tendencia de cambios génicos diferenciales en el cultivar tolerante a la densidad CV LD32 fue opuesta a la del CV convencional SND28. Los resultados del análisis conjunto indicaron que la co-regulación de () y cis-zeatina ribósido monofosfato (CZRM) en la vía de biosíntesis de zeatina de LD32 bajo condiciones de siembra densa fue el principal factor para la tasa relativamente baja de abscisión de vainas bajo condiciones de siembra densa.