El dinoflagelado productor de toxinas es responsable de los brotes de floraciones de algas nocivas (HABs). Es una especie ampliamente distribuida y es responsable de producir toxinas que causan intoxicación paralítica por mariscos. Sin embargo, la información asociada con la vía de adaptación ambiental y la biosíntesis de toxinas en esta especie aún es escasa. Por lo tanto, este estudio se centra en la caracterización funcional de unigenes obtenidos de la secuenciación del transcriptoma utilizando la plataforma de secuenciación Illumina Hiseq 4000. Un total de 58,802 (47.05%) unigenes fueron anotados con éxito utilizando bases de datos públicas como NCBI-Nr, UniprotKB, EggNOG, KEGG, InterPRO y Gene Ontology (GO). Este estudio ha identificado con éxito características clave que permiten adaptarse al entorno marino, incluyendo varias vías metabólicas del carbono, asimilación de diversas fuentes de nitrógeno y fósforo. Se encontró que codifica homólogos de varias proteínas involucradas en la biosíntesis de saxitoxina, incluyendo las tres primeras proteínas en la vía de biosíntesis de saxitoxina, a saber, sxtA, sxtG y sxtB. El análisis integral del transcriptoma presentado en este estudio representa un recurso valioso para comprender el modelo metabólico molecular de los dinoflagelados en relación con la adquisición de nutrientes y la biosíntesis de saxitoxina.