El cultivo continuo de repollo o frijol resulta en una disminución del rendimiento al influir en el ambiente del suelo. Para disminuir el daño causado por el cultivo continuo, se establecieron diez tratamientos de combinaciones de rotación de cultivos de repollo-maíz-repollo (CMC), frijol-maíz-repollo (BMC), repollo-repollo-repollo (CCC), repollo-maíz-frijol (CMB), frijol-maíz-frijol (BMB), frijol-frijol-frijol (BBB), repollo-repollo-maíz (CCM), repollo-frijol-maíz (CBM), frijol-frijol-maíz (BBM) y frijol-repollo-maíz (BCM). Los cambios en los nutrientes del suelo, la estructura de la comunidad fúngica, la composición y diversidad en la capa superficial del suelo bajo las diez combinaciones de rotación de cultivos fueron analizados utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento Illumina NovaSeq y tecnología química. Las especies fúngicas eran abundantes en los diez tratamientos. Las UTOs (unidades taxonómicas operativas) no mostraron diferencias significativas. Los valores del índice de riqueza de cada tratamiento tuvieron diferencias significativas. El valor del índice de diversidad del tratamiento CCC fue significativamente menor que el de los otros tratamientos. El filo fúngico del suelo dominante fue Ascomycota, y el filo fúngico del suelo subordinado fue Basidiomycota. No se observaron diferencias significativas en Ascomycota entre los tratamientos. Basidiomycota en el tratamiento BBM fue significativamente mayor que en el tratamiento CCM. Kickxellomycota no se encontró en los tratamientos CCM y CCC. El tratamiento BBM no tenía Entorrhizomycota. La clase fúngica del suelo dominante pertenecía a Ascomycota. La distinción común entre el cultivo continuo y la rotación de cultivos fue Diaporthales, que podría ser el principal orden fúngico que causa trastornos por cultivo continuo. Como la mejor elección, el tratamiento BBM podría prevenir enfermedades fúngicas transmitidas por el suelo y proporcionar la base para la rotación racional de cultivos de repollo, frijol y maíz.