La restricción de raíces de la agricultura protegida se ha utilizado ampliamente para aumentar la productividad y sostenibilidad en la agricultura moderna. Sin embargo, ha habido pocos estudios de la restricción de raíces de la bayas de goji y generalmente se cultiva mediante labranza limpia. En este estudio, medimos el crecimiento y la composición y diversidad de la comunidad bacteriana y las propiedades del suelo de bajo diferentes métodos de cultivo con restricción de raíces. Los resultados mostraron que el tratamiento de restricción de raíces X60 aumentó significativamente el tamaño del dosel (este-oeste), la longitud de las hojas, el ancho de las hojas, el número y la longitud de las nuevas ramas, y las concentraciones de clorofila y K en las plantas. Las concentraciones de N, P y K en los grupos de restricción de raíces fueron todas mayores que las de CK. Sin embargo, la proporción de N:P fue mayor en las plantas de CK y menor en X80, lo que indica que X80 tenía un efecto relativamente débil en el equilibrio de N:P. Además, la restricción de raíces mejoró la calidad de la fruta al aumentar la materia orgánica del suelo y el carbono orgánico y también mejoró la eficiencia de la fertilización para promover el crecimiento de las plantas. Además, la secuenciación de alto rendimiento mostró que la abundancia de bacterias del suelo bajo el cultivo de restricción de raíces fue significativamente mayor que en CK. Además, la abundancia total de los 10 géneros bacterianos principales fue mayor en el tratamiento X60. El análisis de redundancia mostró que el N total, el P total, el K total y la materia orgánica total fueron los principales factores del suelo que afectaron a la comunidad bacteriana. Una comparación exhaustiva mostró que el cultivo con restricción de raíces mejoró el crecimiento de las plantas pero redujo la abundancia y diversidad de las bacterias del suelo. El tratamiento X60 produjo los mejores resultados en el crecimiento de las plantas. Nuestros hallazgos proporcionan una referencia empírica para el cultivo con restricción de raíces de un ancho apropiado.