Los cultivos de cobertura (CC) promueven la salud del suelo, pero el método de terminación puede condicionar los beneficios para los microorganismos del suelo. En un experimento de invernadero, evaluamos los efectos heredados de cuatro métodos comunes de terminación de CC en la micorrización, la abundancia, estructura y actividad microbiana del suelo, así como otras propiedades del suelo, y su interacción con los niveles de agua (bien regado y déficit de agua). El corte y la incorporación de residuos (INC), el glifosato (GLY), el rodillo triturador (ROL) y el glifosato + rodillo triturador (RGL) fueron evaluados, junto con sin CC, en dos fechas de muestreo de un maíz posterior. El nivel de agua moduló la respuesta microbiana del suelo a los métodos de terminación de CC, especialmente en los métodos de glifosato. Los efectos heredados en los atributos microbianos del suelo fueron notables y evolucionaron de manera diferente al maíz, desde la preemergencia hasta ~3 meses después. En el muestreo final, INC mostró la mejor respuesta microbiana en ambos niveles de agua, mejorando la mayoría de los atributos microbianos. ROL fue el segundo método más beneficioso, especialmente en suelo bien regado, promoviendo hongos pero anulando el efecto positivo del CC en bacterias. Independientemente del nivel de agua, GLY y RGL mostraron una respuesta microbiana similar. En suelo bien regado, GLY y RGL tuvieron un efecto negativo en los hongos totales, lo que separó la respuesta de RGL de la de ROL. En general, el tiempo desde la terminación de CC y el nivel de agua moduló la respuesta microbiana del suelo a los métodos de terminación. Se necesita más investigación para investigar los impactos de la terminación de CC bajo diferentes condiciones ambientales, con el fin de comprender mejor los procesos involucrados y proporcionar recomendaciones a nivel de explotación agrícola.