El almacenamiento de carbono en el suelo de los humedales de la meseta Qinghai-Tíbet está afectado por la microbiota y los tipos de humedales, pero los mecanismos de respuesta de los microorganismos de secuestro de carbono en la meseta Qinghai-Tíbet a diferentes tipos de humedales aún están poco descritos. Para explorar las diferencias en las comunidades microbianas de secuestro de carbono en diferentes humedales y los principales factores que influyen, este estudio tomó un humedal de pantano, un humedal de fuente de río y un humedal de orilla de lago del Lago Qinghai como objetos de investigación y utilizó secuenciación de alto rendimiento para estudiar el gen funcional, cbbL, de los microorganismos de secuestro de carbono. Los resultados mostraron que el grupo bacteriano dominante de los microorganismos de secuestro de carbono en los humedales de pantano y de fuente de río era Proteobacteria, y el grupo bacteriano dominante en el humedal de orilla de lago era Cianobacteria. La diversidad alfa, la abundancia relativa de Proteobacteria y el contenido total de carbono fueron más altos en el humedal de pantano, seguidos por el humedal de fuente de río, y fueron los más bajos en el humedal de orilla de lago. Además, las características físicas y químicas de los tres tipos de humedales eran significativamente diferentes, y la temperatura y humedad del suelo y el contenido total de carbono eran los factores más importantes que afectaban las estructuras de las comunidades de microorganismos que secuestran carbono. Hubo poca diferencia en los contenidos de nitrógeno total entre el humedal de pantano y el humedal de fuente de río. Sin embargo, el contenido total de nitrógeno también fue un factor importante que afectó la diversidad de la comunidad microbiana de secuestro de carbono. En resumen, el tipo de humedal afecta significativamente el proceso de secuestro de carbono en el suelo. En comparación con los humedales de fuente de río y de orilla de lago, el humedal de pantano tiene el mayor almacenamiento de carbono.