La soja desempeña un papel crucial en la seguridad alimentaria global y en la economía, pero su rendimiento a menudo se ve limitado por el déficit hídrico (DH) y el exceso de agua (EA). Comprender los mecanismos moleculares que regulan las respuestas a estos estrés es esencial para mejorar la resiliencia de los cultivos. En este estudio, analizamos nueve genes inducidos por ABA involucrados en la señalización de DH y EA utilizando bibliotecas de transcriptomas, RT-qPCR, análisis de intercambio de gases y morfología de raíces. Un total de 4412 y 2597 genes se expresaron diferencialmente bajo EA y DH, respectivamente. La respuesta al ABA exógeno varió entre las condiciones, reflejando adaptaciones específicas al estrés. Entre 10 genes expresados exclusivamente bajo EA, solo ERF1 y Peroxidasa mostraron niveles de transcripción aumentados después del tratamiento con ABA, siendo regulados de manera similar bajo DH y EA. Estos resultados revelan respuestas moleculares y fisiológicas distintas al ABA dependiendo del estado hídrico, destacando posibles objetivos para la mejora genética. Los genes identificados proporcionan información sobre la regulación mediada por ABA de la tolerancia al estrés en soja y representan candidatos prometedores para estrategias de cría destinadas a mejorar la resiliencia a los estrés relacionados con el agua. En última instancia, este estudio contribuye a una comprensión más profunda de los mecanismos de adaptación de la soja, apoyando la gestión sostenible de cultivos y la productividad en condiciones ambientales desafiantes.