La salinización del suelo amenaza gravemente la producción agrícola global. Comprender la relación entre la fisiología de la tolerancia salina-alcalina de los cultivos y el microbioma de la rizosfera, y aprovechar los microorganismos beneficiosos para mejorar la resistencia al estrés de los cultivos, es importante para el desarrollo agrícola sostenible. Este estudio investigó las respuestas fisiológicas y microbianas de la rizosfera de dos cultivares de soja con diferente tolerancia salina-alcalina al estrés. En condiciones salinas-alcalinas, el cultivar tolerante mostró un rendimiento fisiológico superior, incluyendo un mayor contenido de clorofila, eficiencia fotosintética y actividades elevadas de enzimas antioxidantes (SOD, POD y CAT), junto con un daño oxidativo reducido (MDA) y una mayor acumulación de biomasa. Los análisis metagenómicos y fisiológicos combinados revelaron correlaciones significativas de y con indicadores fisiológicos clave, incluyendo peso seco, PI y MDA. El cultivar tolerante enriqueció selectivamente microbios marcadores distintos, como sp. y , en su rizosfera. Concluimos que el cultivar tolerante exhibe una fuerte resistencia fisiológica intrínseca. Esta resistencia se ve aún más potenciada por un microbioma de rizosfera ensamblado de manera beneficiosa, mientras que la fisiología de la planta huésped sigue siendo el factor dominante.