Los ecosistemas áridos y semiáridos dominan la variabilidad de la respiración del suelo (RS) debido a los múltiples factores cambiantes que la controlan. En consecuencia, cualquier variación, además del cambio climático y el cambio en el uso del suelo, impacta la concentración de CO2 en la atmósfera. Aquí se investiga el efecto de la variación interanual y los factores que controlan la RS en matorrales xerófitos nativos y sistemas agrícolas. Este estudio se llevó a cabo en cuatro sitios por condición durante dos años (2019 a 2020), donde se midieron la RS y las propiedades del suelo. La RS presentó una mayor variación en el matorral xerófitos. Las parcelas agrícolas mostraron la mayor RS (0.33 g CO2 m-2 hr-1) en comparación con el matorral xerófitos (0.12 g CO2 m-2 hr-1). El contenido de agua en el suelo fue la principal variable controladora de la RS en ambos usos del suelo. Sin embargo, la temperatura del suelo afectó la RS solo en las parcelas agrícolas. La variación en la RS bajo diferentes usos del suelo confirma que los cambios en las condiciones del suelo y ambientales (es decir, la temporada) controlan la RS. Además, si se mantienen las prácticas de manejo actuales en los sitios agrícolas y bajo un escenario de aumento de temperatura, se espera un aumento significativo en la tasa de RS.